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ECサイト運営にかかる手数料はいくら?開設方法・サービスごとに解説!

EC運営・ビジネス

2025/07/09

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ECサイトを運営したいものの、どの程度手数料がかかるか分からないという方も多いのではないでしょうか。ECサイト運営でかかる手数料は、開設方法によって異なります。

本記事ではECサイト運営にかかる手数料について解説します。また、ECサイトを開設する方法やかかる手数料の種類についてもまとめました。

本記事を読むことでECサイト運営にかかる手数料が理解でき、スムーズに開設できるようになります。ECサイトの運営を検討している方はぜひお読みください。

目次

ECサイトの開設方法

ECサイトとはインターネット上で商品を販売するサイトを指します。一口にECサイトといっても幅広いですが、開設方法としては大きく3つに分けられます。

  • ECプラットフォームを活用する
  • ECモールを活用する
  • ECサイトを自分で用意する

どの方法で開設するかによって、かかる手数料や開設までにかかる期間などが変わってきます。ひとつひとつのECサイトの開設方法について詳しくみていきましょう。

ECプラットフォームを活用する

1つ目はECプラットフォームを活用する方法です。ECプラットフォームでは、サービスに登録するだけで、プラットフォーム上で簡単にECサイトが作れます。

サイトを構築するにあたってサーバーの準備は必要ありません。また、プログラミングやHTML・CSSのスキルも必要ないのが特徴です。既存のテンプレートを使うことで、Webページを作ることができます。

ただし、ECプラットフォームに手数料を支払わないといけません。

ECモールを活用する

2つ目はECモールを活用する方法です。ECモールとはAmazonや楽天市場のような、インターネット上のショッピングモールを指します。ECモールを活用することで、Amazonなどのサイト上で商品を販売することが可能です。

ECモールを活用する場合、そのサイトの知名度を利用できます。そのため、知名度が低い商品でも比較的売れやすいことが多いです。

また、自サイトを持つ必要がないため、サイトの開発コスト・管理コストを抑えられます。

ただし、ECプラットフォーム同様にAmazonなどに手数料を支払う必要があります。

ECサイトを自分で用意する

3つ目はECサイトを自分で用意する方法です。

自分でサイトを用意するのにも、いくつかのパターンがあります。1からサイトを作る方法(フルスクラッチ)の他に、既存のパッケージやオープンソースを使う方法もあります。

パッケージやオープンソースを使う場合でも、サーバーを自社で用意する必要があります。また、自社向けにシステムを改良する必要があるので、プログラミングスキルが必要です。

ECサイトを自分で用意する場合、初期コストは多くかかってしまいます。しかし、サイトデザインや機能を自由に決めることが可能です。また、ECプラットフォームやECモールに手数料を支払う必要がないのが大きなメリットです。

ECサイトの手数料の種類

ECサイトの運営にかかる代表的な手数料は次の4つです。

  • 初期費用
  • 月額費用
  • 販売手数料
  • 決済手数料

ECサイトの開設方法やサービスの種類によっては、一部の手数料がかからない場合もあります。また、これ以外にも配送料やオプション料金がかかることがあります。

ひとつひとつの手数料について詳しく解説します。

初期費用

クレジットカード決済は専用のクレジットカードを使う決済手段です。サブスクの場合、ユーザーにクレジットカード情報を登録してもらう必要があります。

ECプラットフォームやECモールを利用する場合、初期費用が発生することがあります。初期費用は一度しか支払わないため、大きな負担となることは少ないですが、最初にまとまったお金を用意できないために開設が遅れてしまう可能性もあります。

なお、初期費用がかからないサービスも多いです。

月額費用

ECプラットフォームやECモールを利用する場合、月額料金が発生する可能性もあります。月額料金はプランごとに異なる場合が多いです。

月額料金もサービスによっては無料の場合もあります。また、最初の1ヶ月などは無料・割引価格になる可能性もあります。

販売手数料

販売手数料とは、商品が売れる度にサービス側に支払う手数料のことです。販売手数料も無料の場合もあれば有料の場合もあります。

売上が発生しない場合は、販売手数料を取られることはありません。ただし、売上が多く発生すると、大きな負担となってしまう可能性もあるので、忘れずに確認しましょう。

決済手数料

決済手数料とは、決済が行われる度に決済を提供する企業側に支払う手数料のことです。決済手数料に関しては、自分でサイトを構築した場合も支払う必要があります。

決済手数料に関しては、決済手段ごとに金額が異なる場合も多いです。導入したい決済手段の決済手数料が何%なのかを事前に確認するようにしましょう。

代表的なECプラットフォームの種類・手数料

ECプラットフォームの中でも有名なのは次の3つです。

  • Shopify
  • BASE
  • STORES

これらのサービスの特徴や手数料について詳しく解説します。なお、手数料の金額に関しては2024年12月現在のものです。

Shopify

Shopifyは世界中で使われているECプラットフォームで、知名度が高く安心して使えるのが特徴です。テンプレートが豊富なうえに、app storeからアプリをインストールして機能拡張できるため、比較的柔軟にECサイトを作れます。

Shopifyには4種類のプランが存在しますが、どのプランでも初期費用はかかりません。もっとも安い個人事業主向けプランの「Basic」の場合、月額料金は年払いで3,650円です。

決済手数料は3.55%~となっています。また、外部決済サービスを使った場合のみ、 2%手数料が上乗せされます。

BASE

BASEは初心者向けの機能・サポートが充実しているECプラットフォームです。チャットによるオンラインサポートなどがあり、分からないことがあっても手軽に質問できます。

BASEには、初めての方向けの「スタンダードプラン」と売上が増えてきた方向けの「グロースプラン」があります。

「スタンダードプラン」は、初期費用・月額費用が0円です。サービス利用料は3%、決済手数料は3.6%~となっています。

一方で「グロースプラン」は、初期費用は0円ですが月額費用が16,580円(税込・年払いの場合)発生します。ただ、サービス利用料は0円に、決済手数料が2.9%~に減ります。

STORES

STORESは手軽にECサイトを構築できるECプラットフォームです。Instagramと連携できる機能がある点や導入できる決済手段が豊富な点が特徴と言えます。また、販売手数料が発生せず、料金体系がシンプルなのも魅力です。

STORESには「フリープラン」と「べーシックプラン」があります。

「フリープラン」は、初期費用・月額費用・販売手数料が0円です。決済手数料は5.5%となっています。

「べーシックプラン」は月額費用が2,980円(税込・クレジットカードで年払いの場合)発生しますが、初期費用・販売手数料は0円です。決済手数料は3.6%~と安くなります。

代表的なECモールの種類・手数料

ECモールの中でも代表的なのは次の2つです。

  • Amazon:マーケットプレイス型
  • 楽天市場:テナント型

これらのサービスの特徴や手数料について詳しく解説します。なお、手数料の金額に関しては2024年12月現在のものです。

Amazon

Amazonはマーケットプレイス型のECモールです。マーケットプレイス型は専用ページを作るのではなく、あくまでサイト内に商品を掲載させてもらうイメージです。商品を登録するだけで販売でき、ショッピングページの作成が不要なのがメリットと言えます。

プランは「小口出品」と「大口出品」の2つです。

「小口出品」の場合は月額費用が発生しない代わりに、商品ごとに成約料が100円(税別)かかります。また、毎月の出品数が49点までと制限があります。「大口出品」は月額費用が月額4,900円(税別)かかりますが、49点より多く出品することが可能です。

Amazonでは初期費用は発生しません。販売手数料は商品のカテゴリによって変動します。また、配送料などその他の料金が発生する場合もあります。

楽天市場

楽天市場はテナント型のECモールです。テナント型はショッピングページを作成し、そこで商品を販売します。ショッピングページ作成の手間はかかりますが、ページのデザインはある程度自由に調整でき、ブランドの特色を出せるのがメリットです。

楽天市場には「がんばれ!プラン」「スタンダードプラン」「メガショッププラン」があります。初めての方におすすめされているのが「がんばれ!プラン」です。

「がんばれ!プラン」は月額費用が25,000円(税別・年間一括払いの場合)かかります。また、システム利用料が3.5%~7.0%発生します。

楽天市場では全プラン共通で初期登録費用が60,000円(税別)かかります。また、上記以外の利用料・手数料がいくつかかかる場合もあります。

ECサイトの手数料をなるべく抑えるには

ECプラットフォームやECモールを活用する場合、どうしてもサービス側に手数料を支払う必要があります。初期費用や月額費用が無料のサービスも中にはありますが、その分決済手数料などが高い場合が多いです。

ECサイトの手数料を抑えるには、自分でサイトを構築する必要があります。自分でサイトを構築すれば、サービス側に手数料を支払う必要がなくなり、決済手数料を支払うだけで良くなります。

ただし、ECサイトを自分で構築する場合、決済手段の導入も自分で行う必要があります。決済手段を導入するにはカード会社などと契約し、加盟店にならないといけません。加盟店になるためには審査を受ける必要があり、作成する書類の量も多いです。

そこでおすすめは、決済代行会社を活用することです。決済代行会社は、決済手段導入に必要な手続きなどを代行する会社を指します。決済代行会社を活用すれば、導入時の事務負担を大幅に削減可能です。

また、決済代行会社は、決済システムの開発・提供も行います。そのため、事業者は決済システムを開発する手間も削減できます。

ECサイトに決済手段を導入するなら『ペイジェント』がおすすめ

ECサイトに決済手段を導入するならペイジェントがおすすめです。ペイジェントはNTTデータと三菱UFJニコスが出資している決済代行会社です。

ペイジェントはクレジットカード決済を始め、キャリア決済やID決済などECサイトに導入されている決済手段の多くに対応しています。複数の決済手段を導入することは、カゴ落ち率を下げることにも繋がります。

また、ペイジェントは入金スピードが早いので、資金繰りを楽にできるのも特徴です。通常でも、締め日から9営業日後に入金します。更に、「早期入金オプション」に加入した場合、締め日から5営業日後に入金されるのに加え、締め回数を2~4回まで細分化可能です。

ペイジェントに興味のある方は、以下の窓口からお気軽にお問い合わせください。サービス内容に関するどんな小さなことにも、スタッフが丁寧に回答させて頂きます。

「ペイジェント決済代行サービス」、Shopifyとシステム連携を開始

Shopifyでは『クレジットカード決済-ペイジェント』のインストールが可能

当記事でも紹介したECプラットフォームであるShopifyでは、ペイジェントのクレジットカード決済アプリも利用できます。Shopifyのapp storeからインストール可能です。

『クレジットカード決済-ペイジェント』ならクレジットカード決済を簡単に導入できます。VISA・Mastercard・JCB・AMEX・Dinersの国際5大ブランドに対応しています。

また、EMV3-Dセキュア(3Dセキュア2.0)の導入も可能です。更に、「分割払い」「リボ払い」を導入することもできます。Shopifyを利用する方は、ペイジェントのクレジットカード決済アプリの利用もぜひご検討ください。

お問い合わせへ

まとめ

本記事ではECサイトの手数料について解説しました。ECプラットフォームやECモールを利用した際の手数料がお分かりいただけたかと思います。

利用するECプラットフォームやECモールによって、発生する手数料は異なります。手数料をなるべく抑えたい方は、各サービスの料金体系をよく比較することが大切です。

また、手数料を削減したいなら自分でECサイトを構築する手もあります。ECサイトを構築する場合は決済手段の導入が必要ですので、決済代行会社の活用を検討しましょう。

ペイジェントはECサイトに導入される決済手段の多くに対応していますし、導入実績も豊富です。ペイジェントの利用もぜひご検討ください。

 

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